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Prélèvement en bactériologie

1) Prélèvements à visée diagnostique en bactériologie.

Afin d’effectuer un prélèvement techniquement irréprochable , il est impératif de se souvenir de :
* la sensibilité des bactéries aux variations de température, de pH, de pression d’oxygène ; elles dépérissent dans un environnement peu favorable et doivent être conservées dans des milieux adaptés.
* la présence d’une flore résidante normale dans de nombreux sites (en particulier sur la peau et les poils) qui doit conduire le clinicien à effectuer le prélèvement avec un souci de propreté constant (tant au niveau du matériel utilisé que de la préparation du site de prélèvement ).

a) Choix d’ échantillons représentatifs
Les sites de prélèvements sont choisis en fonction de la symptomatologie :

Affections cutanées
La désinfection de la surface cutanée sur le site de prélèvement est déconseillée car elle tue les germes pathogènes autant que les contaminants.
vésicules : aspiration du liquide vésiculaire
ulcérations : grattage du plancher
pustules : ouverture au scalpel stérile et grattage des parois
auriculaires : écouvillonnage profond après avoir enlevé le cérumen superficiel

Pour les lésions cutanées profondes, il est possible de prélever une petite biopsie et de l’ensemencer en bouillon d’enrichissement.

Collections purulentes
Lorsqu’on a affaire à un abcès circonscrit, il est préférable, après débridement chirurgical, de prélever un morceau de la paroi de l’abcès ou d’écouvillonner les parois.
Les collections purulentes dans les grandes cavités sont aspirées à la seringue après préparation aseptique du site de ponction et transportées rapidement au laboratoire .On évitera d’introduire tout volume d’air dans la seringue pour pouvoir rechercher les germes aérobies et anaérobies.

Affections pulmonaires
Seuls les lavages bronchoalvéolaires sous fibroscopie ou par voie transtrachéale permettent le diagnostic bactériologique (ou mycologique) des infections pulmonaires.

Le prélèvement sous endoscopie peut être facilement réalisé en prenant cependant un certain nombre de précautions. Lors du lavage bronchique sous endoscopie, il n’est pas rare de contaminer par la flore oropharyngée l’extrémité du fibroscope rendant parfois suivant la nature des bactéries isolées l’interprétation du résultat difficile.
On peut améliorer nettement la qualité du prélèvement en utilisant des cathéters munis de système de protection (type système Wimberley).
Une alternative au lavage broncho-alvéolaire est l’utilisation du brossage bronchique plus onéreux mais plus performant pour les pneumopathies sévères. Ce dispositif est jetable, constitué d’une brosse microscopique protégée par deux cathéters de petits diamètre, théoriquement protégé de toute contamination , c’est la brosse qui sera ensemencée au laboratoire.
Les expectorations ou les écouvillonnages de gorge sont la plupart du temps impossibles à interpréter en médecine des carnivores.
Les biopsies pulmonaires, quand elles sont réalisables sont supérieures en qualité mais doivent tenir compte du site présumé de l’infection pulmonaire.

Affections sinusales
Seuls les prélèvements effectués soit par lavage des sinus ou des cornets nasaux ou in situ par biopsie peuvent permettre d’isoler le germe (ou le champignon) responsable de l’infection chronique.
Les écouvillonages des fosses nasales ne permettent généralement pas d’isoler le germe responsable.

Affections intestinales
Les affections intestinales d’origine bactérienne sont rares chez les carnivores et encore peu décrites ( salmonelles, campylobacter ou yersinia).
On recueille une noisette de selles dans un pot propre stérile ou non stérile, conservé à 4 °C et transporté rapidement pour ensemencement spécifique (prévenir le laboratoire de la suspicion clinique envisagée).

Affections oculaires
Un raclage doux de la conjonctive et de la cornée en évitant les contaminations de la flore cutanée palpébrale permet de recueillir les secrétions purulentes et d’isoler les germes responsables de conjonctivites et de kératites microbiennes.

Affections urinaires
La qualité du diagnostic bactériologique des infections urinaires des carnivores domestiques est conditionnée plus que tout autre par la qualité du prélèvement. Les urines doivent être recueillies de façon stérile soit par cystocentèse, soit par cathétérisme soigneux et conservées immédiatement à 4°C.
Les urines prélevées par palpation-pression et élimination des premiers jets présentent l’inconvénient d’être potentiellement souillées par la flore urétrale ou vaginale.

Affections ostéoarticulaires
Les problèmes d’infection osseuse et articulaire d’origine traumatique (fractures ouvertes, plaies pénétrantes) ou iatrogène ne sont pas rares en pathologie ostéoarticulaire. Dans le cas des affections chroniques il est recommandé de préférer un prélèvement in situ(os ou liquide articulaire) pour une recherche de germes aérobies et anaérobies, à l’écouvillonnage d’un trajet fistuleux.

Septicémies
La réalisation d’hémocultures doit être envisagée dans les cas suivants chez les carnivores :endocardites, spondylodiscites, hyperthermies prolongées inexpliquées ou suspicion de leptospirose (isolement difficile ; la 1ère semaine)
On effectue au moins trois prélèvements sur milieux spéciaux (se les procurer auprès du laboratoire) en 48 h et au moment des pics d’hyperthermie s’ils existent.

b) Technique, conservation
La condition idéale est l’ensemencement immédiat de l’échantillon associé à la réalisation d’un frottis du site prélevé.

Utilisation des écouvillons
L’écouvillon banal en bois et coton cardé sec n’assure aux germes qu’une durée de vie inférieure à 30 minutes. Son utilisation pour les envois différés au laboratoire peut être responsable de cultures faussement négatives par assèchement. Il est préférable d’utiliser des écouvillons en matériau neutre (dacron, polyester et alginate de calcium) associés à des milieux dits de transport (type Amies ou Stuart) dont la composition peut varier suivant le fournisseur ou l’agent infectieux recherché (aérobie, anaérobie, germe fragile) et transportés à température ambiante. Ces milieux permettent la survie des bactéries avec une croissance minimum indispensable pour la conservation des prélèvements polymicrobiens.

Autres
Les urines, selles et lavages bronchoalvéolaires sont conservés à 4 °C, le liquide céphalorachidien quelques heures à température ambiante.
L’acheminement postal est à proscrire pour les liquides (urines, liquides purulents, lavages) conservés tels quels, il existe cependant des milieux de conservation spéciaux adaptés à chaque type de prélèvement. Il est préférable de contacter le laboratoire référant avant d’effectuer le prélèvement.

c) Causes les plus fréquentes d’erreurs d’interprétation

1) le volume de l’échantillon est insuffisant :
Il faut préférer l’envoi de plusieurs millilitres d’un liquide pathologique à celui d’un écouvillon trempé dans le même liquide.

2) le prélèvement est contaminé par des germes extérieurs :
Cause d’erreur la plus fréquente en médecine vétérinaire, une tranquillisation légère est parfois préférable au « casse-tête » d’un résultat polymicrobien.

3) un traitement antibiotique est déjà en place : il est recommandé de faire une « fenêtre » thérapeutique de 48 h avant d’effectuer le prélèvement.